De femti første fangene fra Esterwegen konsentrasjonsleir kom til Oranienburg for å begynne oppbygningen av Sachsenhausen konsentrasjonsleir. På den tiden ble ss-standartenfürer Karl Koch utnevnt til lirens første kommandant. En måned senere kom det 900 nye fanger fra Esterwegen. En liten stund etter greide de første fangene å rømme fra Sachsenhausen, hvor seks av dem ble tatt like etterpå, og den syvende kom så langt som til Belgia før han ble tatt.

Halvåret senere, utpå begynnelsen av våren, kom det nye transporter med politiske fanger som hadde sonet sine fengselsstraffer. Etter hvert ble det bygget flere fangbrakker, og byggingen med Zellenbau ( det interne fengselet i Sachsenhausen) begynner.

Ledelsen i Sachsenhausen prioriterte et anlegg for mindre industrier utenfor leiren (industrienhof). Måneder senere begynte en av de store aksjonene for å utrydde de såkalte ”asosiale”. 6000 mennesker arresteres, blant disse fantes sigøynere, landstrykere og tidligere straffede personer. Disse 6000 menneskene ble sendt til Sachsenhausen, noe som førte til at boligbrakkene blir helt overfylte. Inne i hver av brakkene var det beregnet at 146 fanger skulle bo. Antall fanger per brakke økte opp til 400 fanger, noe som gjorde at hygienen og helsen til fangene ble betydelig dårligere. SS måtte bygging av flere brakker, og ikke lenge etter var det totalt 68 boligbrakker for fanger.

Von Rath i legasjonsrådet ble myrdet av en jødisk flyktning, noe som startet en terrorbølge mot det jødiske folkeslaget. 20000 jøder ble arrestert på kort tid, 6000 av disse ble sendt til Sachsenhausen.

20. april 1939 fikk om lag 1200 fanger amnesti i forbindelse med Hitlers 50 års dag, av disse var 250-300 politiske fanger. Så begynte SS å iverksette fryktelige straffeaksjoner mot politiske fanger i leiren. De politiske fangene ble utsatt for grusom tortur, og tilbrakte ofte flere måneder i det interne fengselet Zellenbau.

I 1939 ble Polen okkupert av Tyskland. Mange politikere, jøder og spesielt mange kommunister ble sendt til Sachsenhausen etter at Polen ble okkupert. Samme året ble Rudolf Höss forflyttet fra Auschwitz til Sachsenhausen. En gruppe nazister arrangerte et såkalt attentat på Hitler i Bürgerbräukeller i München. Attentatmannen Georg Elser ble ført til Sachsenhausen, og tilbrakte sin tid der i Zellenbau.

20. november 1939 skjedde en massearrestasjon av noen tsjekkiske studenter. 1200 studenter ble sendt til Sachsenhausen.

Julen 1939 ble den internasjonale motstandskomiteen, som besto av tyske, polske, østersiske og tsjekkiske fanger.

Mai 1940 ble krematorieovnene i Sachsenhausen satt i bruk. Til nå hadde alle likene blitt sendt til Berlin for å kremeres.

24. august ankom de første nordmennene Sachsenhausen. Det dreide seg om en gruppe på 12 fanger, som etter 3 mnd ble sendt tilbake til Norge.

4-7 juni 1941 ble 269 fanger tatt av dage som et ledd i ”Euthansi-programmet”, altså programmet for avliving av psykisk utviklingshemmede personer.

August 1941 ble en brakke i Industrienhof ombygd til et massehenrettelsessted. Brakken ble kamuflert som et legekontor.

1. november 1941 brøyt det ut en flekktyfus epidemi i leiren. SS satte i gang omfattende forholdsregler for at flekktyfus epidemien ikke bredde seg.

1. desember 1941 rapporterte SS til Berlin at om lag 18000 russiske krigsfanger var tatt av dage. Av disse ble 13000 myrdet ved nakkeskudd. Da var det bare 2500 russiske fanger igjen i leiren.

24. mai ble en tysk fange hengt ut på appellplassen for øynene på alle leirens fanger. Årsaken til hengingen var fluktforsøk.

1. oktober 1942 ble 18 fremstående kommunistiske fanger arrestert og satt inn i Zellenbau. De ble mistenkt for å planlegge organisert motstand i leiren.

Januar-mai 1943 kom det praktisk talt store transporter fra tyskokkuperte land. Bare i Januar kom det 5500 fanger, av disse var over 600 fra Norge.

Mars 1943 ble et gasskammer bygd i station Z (den ombygde brakken i Industrienhof).

10-11. august ble 30 tyske motstandskjempere skutt. Av disse tilhørte 8 stk en og samme familie.

10. desember 1943 ble 3000 fanger sendt på transport til utrydningsleiren Maidanek.

12. desember 1943 kom det 378 nordmenn til Sachsenhausen, den gang den største transporten av nordmenn så langt.

I 1944 foregikk det i leirens nærhet en omfattende nybyggings og utviklingsvirksomhet. Nybyggingen skulle brukes til produksjon av krigsmateriale.

22. mars 1944 opplevde Oranienburg sitt største bombeangrep. Også leiren Sachsenhausen ble voldsomt rammet.

1945 Sachsenhausens utekommandoer i øst og vest evakueres. Den Røde arme rykker frem fra øst, og de allierte rykker frem fra vest

21. april 1945 begynte evakueringen av fangene i Sachsenhausen. I kolonner på 500 marsjerte til sammen 30000 fanger ut av leiren i retning Østersjøen. Siktemålet var å innskipe fangene i store båter og senke disse i Østersjøen. Denne marsjen som i ettertid fikk navnet ”Todesmarsch” (dødsmarsj), kom til å koste mange tusen mennesker livet.

22. april 1945 En fortropp av den 47. sovjetiske arme og 1. infanteridivisjon av den første polske arme marsjerte inn i leiren.

23. april 1045 overtok sovjetiske offiserer leirledelsen. Militærleger og sanitetspersonale overtok den medisinsk behandlingen av syke fangene som var igjen i Sachsenhausen. Senere ble deltakerne i Todesmarsch befridd av fremrykkende sovjetiske enheter, også engelske og amerikanske enheter.

23. oktober-1. november 1947 ble det holdt en rettssak mot tidligere ledere i konsentrasjonsleiren Sachsenhausen. Rettssaken fant sted i Berlin i Pankow.