Den første tiden i Milorgs historie blir kalt pionerfasen. I denne ble Tyskland stadig mektigere og virket uover-vinnelige. Blant ungdommen i Norge var det mye pessimisme. Det var der det hele startet, noen av de som hadde vært med i krigsdagene i 1940 ville gjøre mer. De gjemte unna masser av våpen og utstyr, og de fortsatte og ha kontakt seg i mellom i mindre grupper. 

Det var på Østlandet at de fleste Milorg gruppene lå. Da sentralledelsen i 1940 ville samle de forskjellige gruppene, ble det dannet et øverste organ, Rådet. Dette Rådet bestod av ca 4.medlemmer gjennom hele krigen. I 1940 sende Rådet et brev til kongen der de ba om status som en anerkjent organisasjon. Dette brevet ble videre sendt regjeringen og drøftet der. Rådet hadde utviklet retningslinjer for Milorg som da ba regjeringen ta stilling til.

På slutten av 1942 begynte Gestapos opprulling for fult. De som jobbet i motstandsbevegelsen hadde ikke noen erfaring fra illegalt arbeid, og en dag måtte det gå galt. Gestapo kom på sporet av noen grupper og slo til på Østlandet. Mye av det som var bygget opp gjennom to år ble nå ødelagt.

Denne fasen var tung for Milorg, opprullingen i 1942 gjorde situasjonen vanskelig. Rekruttering og popularitet var dalende. London var ikke særlig samarbeidsvillige, og Sentralledelsen gikk imot hele Milorg ideen.

Forsvarets overkommando og Milorg selv slet hardt for å finne en løsning på alle problemene og Milorgs videre fremtid. På slutten av 1942 utarbeidet Milorg en liste over sentrale problemstillinger. Listen ble kalt Partisanbrevet og Rådet trakk viktige konklusjoner. For å få ordnet opp i alt rotet mellom den sivile ledelsen (Kretsen) og den militære ledelsen (Rådet) ble det innkalt til et møte i Stockholm. På dette møtet ble en del av mistroen mot Milorg fjernet fra Kretsens side og andre misforståelser ble oppklart.