En folkefiende handler om doktor Stockmann, familien hans og menneskene i byen der de bor. En sentral ting i bygda er badehuset som på en måte gir jobb til så å si alle i byen. Byfogden, som også er broren til dr. Stockmann leder badehuset, og doktoren er ansatt som badelege.

Boka starter hjemme hos familien Stockmann som har gjester. Doktoren har i en god stund ventet på et brev, og når det endelig kommer blir han ivrig etter å få lest det. I brevet har han fått bekreftelse på det han hele tiden fryktet, badevannet er forurenset og badehuset bør stenges med en gang. Når nyhetene får spred seg får han umiddelbart støtte av folkene i byen, badehuset er jo tross alt kjent for å være rensende og noe som hjelper syke mennesker. I ryggen har doktoren den store majoriteten av folk, og lokalavisa ”Folkebudet”. De vil så fort som mulig trykke en artikkel som doktoren har skrevet om saken, slik at alle opplyste menn skal få lære om det nye problemet.

Når byfogden, Peter får høre om problemet blir han virkelig opprørt. Han forhører seg hos en ingeniør og finner ut at de må stenge badehuset i minst 2 år og at det vil koste byen dyrt å løse problemet. Han frykter det kan ramme mange hardt (økonomisk sett). Han drar til avisen for å stoppe trykkingen av artikkelen til dr. Stockmann. I lokalene møter han redaktør Hovstad, en mann som heter Billing (ansatt i avisen) og Aslaksen (leder for huseierne). Når de får høre det byfogden har å si snur de helt om på sine meninger. Det er til byens beste at doktorens oppdagelser ikke kommer ut til allmennheten, de nekter altså å trykke artikkelen. Mens byfogden er hos avisen kommer doktoren. De har tidligere på dagen kranglet om det samme, og doktoren ble kaldt en samfunnsfiende av byfogden. De er svært oppgitt over hverandre, men doktoren mener sannheten må fram. Ettersom ingen vil trykke manuskriptet hans bestemmer doktoren seg for å lese det opp for allmennheten. Det er kun en person som ønsker å la doktoren få holde et folkemøte i lokalene sine, kaptein Horster.

På møtet kommer det mange mennesker, inkludert familien til Stockmann. Aslaksen(som er imot at doktoren skal dele sine oppdagelser) blir valgt til ordstyrer på møtet. Han innleder med at alt som blir sagt på møtet skal holdes innenfor rommets fire vegger, siden nyhetene Stockmann har kan ødelegge for mange. Når doktoren endelig får ordet omtaler han nesten ikke problemet ved badehuset, men han tar opp en annen sak han er mener er mye verre. Han sier at majoriteten(som regel de dumme) alltid har feil, og minoriteten (de smarte) alltid har rett.

Dette blir de fremmøtte sterkt opprørt over, og har en avstemning. Det de skal svare ja eller nei på er om de synes doktoren er en folkefiende! Når resultatet er klart, ja han er en folkefiende, går doktoren skuffet, men bestemt hjem. Dagen derpå er samtlige av rutene i huset blitt knust og familien har avtalt med kapteinen å bli med han til vesten (USA). Litt etter litt kommer det fram at ingen i byen tørr å ha noe med doktoren å gjøre lenger, han mister jobben, de blir kastet ut av huset sitt, barna blir sendt hjem fra skolen og mer.

Svigerfaren til doktor Stockmann er en rik mann, og han har nylig kjøpt opp alle aksjene i badehuset. Han sier dette til doktoren som får et valg. Han kan enten ta imot aksjene som er kjøpt for pengene konen Katrine og barna hans skulle arve. Hvis han skulle takke nei blir alle aksjene gitt til byens ledere som ikke ønsker å utbedre problemet. Han takker nei til tilbudet, men han velger heller ikke å forlate byen. Han mener han må prøve å oppdra folket i byen til å bli mer fritenkende.