Hovedpersonen Bruno er en gutt på 9 år som lever et beskyttet liv i en rik familie i Berlin. Handlingen foregår under andre verdenskrig.

En dag han kommer hjem fra skolen er koffertene pakket, og han får vite at de skal flytte på grunn av at faren har fått en høyere stilling i forsvaret. Faren gikk fra soldat til løytnant. Bruno er veldig negativ til å flytte, men han har ikke noe valg. Han må derfor si farvel til sine bestevenner neste dag.

De flyttet ut på landet. Når de kommer frem viser det seg at de bor tett ved en stor fangeleir. Faren har ikke fortalt at han er en viktig del av gassingen av jødene. Bruno kjeder seg i sitt nye hjem. I det nye huset er det ingen å leke med. Fra soverommet sitt ser Bruno mennesker langt borte på en slags gård og lurer på hvorfor alle går i stripete pyjamas. Han spør og spør alle sammen, men det er ingen som vil fortelle han sannheten.

Moren hans har flere ganger sagt at han ikke her lov til å gå på baksiden av huset og utforske. Men en dag skulle han lage en huske, da måtte han gå på baksiden av huset og hente et hjul. Han fikk hjelp til å bære hjulet av en som jobbet der. Det er da han ser et vindu i huset, der hjulet lå. Dette vinduet var stort nok for at han kunne komme seg igjennom og gå på oppdagelsesferd.

En dag gikk han bort til dette vinduet, han klatret ut og begynt på oppdagelsesferden. På denne oppdagelsesferden kommer han til et gjerde. Han går langs piggtrådgjerdet på fangeleiren, og et stykke avgårde treffer han Shmuel. En gutt i stripete pyjamas. Shmuel er en gutt på sin egen alder, og på hver sin side av gjerdet oppstår det et vennskap mellom jødegutten Shmuel og Bruno.

Hver gang Bruno får sjansen, drar han bort til Shmuel, men det er ingen som får vite noe om hans nye venn. Gjennom Shmuel får Bruno masse informasjon om hva som skjer i leirene, men Shmuel vet ikke alt om hva som skjer på leiren selv.I noen dager er ikke Shmuel ved gjerdet. Bruno er redd for at det har skjedd noe med han.

Hjemme har moren og faren kommet i en krangel. De har funnet ut at det ikke er bra for barna og bo nærme fangeleiren. Moren og barna skal derfor flytte, faren har ikke mulighet til å flytte, og gå fra stillingen sin.

Bruno løper bort til Shmuel, og håper på at han er der. Shmuel sitter ved gjerdet, som Bruno håpet på. Bruno forteller den forferdelige nyheten om at han skal flytte. Det er ikke bare han som har dårlige nyheter. Shmuel kan ikke finne faren sin. Bruno bestemmer seg for å hjelpe jødegutten Shmuel å finne faren hans.

Bruno graver seg under gjerdet og bytter klær til noen fangeklær Shmuel har funnet til han. De begynner letingen, men kommer ikke langt før de blir ført med mange andre ned til et rom. I dette rommet får de beskjed om å kle av seg. Alle jødene var lykkelige for å få ta en dusj. Men idet soldatene lokker dørene, siver det inn gass. Alle ble helt hysteriske. Ingen fikk puste.

Det var en ting som Bruno var helt sikker på. Han skulle aldri slippe hånden til Shmuel, de skulle være venner for alltid.