Allerede på 600-tallet dannet araberne handelsstasjoner i dette frodige området på Afrikas østkyst, og det ble drevet utstrakt handel med den arabiske halvøy. Et resultat av denne forbindelsen er språket swahili, som i dag snakkes av nærmere 30 millioner. 900 år senere inntok portugisiske handelsmenn Kenyas kyst, og araberne ble drevet tilbake. På midten av 1800-tallet begynte europeiske oppdagelsesreisende systematisk utforskning av landet, og misjonsarbeid ble utført. Det var først og fremst tyskere og briter som opererte i Øst-Afrika, og rundt 1890 avtalte de grenser for sine områder. Kenya kom under Storbritannia, som kronkoloni fra 1920. Det vil si at kolonien ble styrt direkte av det britiske statsoverhodet gjennom en guvernør i staten. Likevel lot kolonimyndighetene stammehøvdingene beholde mye av sin makt. Kenya ble regnet som en av de mest attraktive britiske koloniene, og kampen for selvstendighet ble derfor hardere der enn i mange andre afrikanske nasjoner.

Britenes diskriminering av afrikanerne, spesielt ved inndragning av jord, førte til store motsetningsforhold, og de innfødte ble henvist til egne reservater som sterkt begrenset deres muligheter. Livet i reservatene var problemfylte, siden den gamle afrikanske stammestrukturen gikk i oppløsning. Europeerne skattet afrikanerne hardt, og innførte mange tvangsordninger. Særlig problemfylt ble forholdet til masai-stammen, og senere til kikuyu, som selv drev jordbruk i områder innvandrerne gjorde krav på.

I 1920-årene vokste det frem flere protestbevegelser mot de europeiske undertrykkerne. Man protesterte mot jordokkupasjon, forbudet mot kaffedyrking, skattene og lønningene. Opprøret ble hardt slått ned, og lederne fengslet.

Etter andre verdenskrig var Storbritannia hardt rammet, og etter krigen satset britene på å bygge ut jordbruk og industri i Kenya. Effektiviseringen og teknologiske nyvinninger gjorde mange innfødte arbeidere overflødig, og situasjonen i reservatene ble ytterligere presset. Britene sørget også for at enkelte priviligerte afrikanere fikk store jordområder, mens massene led av sult og mangel på dyrkbar jord. Her sert man, nok en gang, at britene forsøker å bevare en form for føydalsamfunn, der massene blir holdt nede for å hindre opprør. Dette hadde også vært utprøvd i India.

Britene mislyktes i sin politikk, og i september 1952 brøt den såkalte Mau-Mau-oppstanden ut. Mau-Mau var en hemmelig organisasjon som vestentlig ble støttet av kikuyu-stammen. Europeere og priviligerte høvdinger ble drept, og kravet fra opprørerne var jord, frihet og en ny samfunnsordning. Britene erklærte unntakstilstand, og betydelige militære styrker ble satt inn i kampene som varte til 1957. Minst 10 000 Mau-Mau terrorister ble drept, og omkring 1000 ble holdt i forvaring, blant dem kikuyu-lederen Jomo Kenyatta.

Til tross for dette, endret ting seg etterpå, afrikanerne kunne for eksempel nå få tilgang på egen jord og eiendom. Storbritannia hadde innsett at de ikke kunne holde unna den stadig voksende misnøyen, og tiltakene ble gjort i håp om at motsetningene skulle minske. I 1956 deltok de innfødte for første gang i frie valg, og utviklingen for frihet skjøt for alvor fart fra 1960. I mange andre afrikanske kolonier vant frihetsforkjemperne frem i kampen for selvstyre, og dette inspirerte naturlig nok de kenyanske nasjonalistbevegelsene. I London vedtok man å opprette en lovgivende forsamling og et ministerråd, sammensatt av både fargede og hvite. Ved valget i 61 vant partiet ”Kenya African National Union” valget, men lederne nektet å delta i ministerrådet hvis ikke Kenyatta ble frisatt. Det ble han, og snart overtok han makta i partiet. Han krevde uavhengighet, og etter lange forhandlinger fikk Kenya fullt indre selvstyre i 1963, med Kenyatta som statsminister. Ett år senere ble landet republikk, og Kenyatta ble president.

Kenya hadde dermed tatt tilbake noe av det europeerne hadde frarøvet dem, men langt på nær alt. De store samfunnsmessige endringene som hadde funnet sted under kolonistyret var så grunnleggende, at ting kunne aldri kunne bli som før. Den industrielle revolusjon hadde knyttet verden tettere sammen, og Kenya, og de andre afrikanske landene, hadde ingenting å vende tilbake til.

Kenya valgte videre samarbeid med Storbritannia gjennom medlemskap i The Commonwealth, som består av stater som tidligere tilhørte det britiske imperium.

Storbriannia fikk slik beholde en viss kontroll over koloniene. Mange av disse, deriblant Kenya, fortsatte derfor å ha store problemer, både sosialt, politisk, kulturelt, økonomisk og økologisk. Likevel klarte Kenya i tiåret etter å oppnå en rask økonomisk vekst, men vekstraten flatet ut etterhvert. Motsetningene mellom de 40 etniske grupperingene og det spente forholdet til det europeiske og asiatiske mindretall har vært blant de alvorligste problemene i kenyansk innenrikspolitikk. Mange asiatere har forlatt landet på grunn av diskriminerende tiltak fra myndighetenes side.

I 1978 døde Kenyatta og ble etterfulgt av Daniel Arap Moi. I 1982 gjorde flyvåpenet et mislykket statskupp som resulterte i flere dødsdommer. Under Moi har landet holdt fram med en markedstyrt og liberalistisk økonomisk politikk som har åpnet for utenlandske bedriftsetablieringer. For å sikre den ønskede utviklingen, har det vært viktig å beholde økonomiske og politisk stabile forhold i samfunnet.

I de senere åra har landet vært gjennom en demokratiseringsprosess, og flerpartistyre ble innført så sent som i 1992. I dag bor de aller fleste av Kenyas 30,8 millioner på småbruk i de frodige sentrale og sørvestlige delene av landet. Den nomadiske bosettingen er spredt i de karrige nord-vestlige områdene. Med en naturlig årlig befolkningstilvekst på 4,4 prosent er overbefolkningen et presserende problem, derfor søker stadig flere inn mot storbyene og ender ofte i arbeidsløshet. Med over 60 prosent av befolkningen under 20 år, står myndighetene foran store utfordringer i å skaffe arbeidsplasser og utdanning. Forskjellen mellom fattig og rik øker stadig.

Den europeiske omorganiseringen av det afrikanske kontinentet, fortsetter fremdeles i dag å sette sine spor, og det ligger ingen lettvinte løsninger i luften på problemene til mange av de afrikanske statene.